С 1-го курса студенты факультета фундаментальной физико-химической инженерии МГУ занимаются научной работой на современном научном оборудовании в базовых академических институтах. Научными базами практики факультета являются институты Научного центра в Черноголовке Российской Академии наук. Благодаря выдающимся достижениям работающих здесь учёных НЦЧ РАН за прошедшие пятьдесят лет своего существования превратился в признанный мировым сообществом центр фундаментальной науки. Наука там сохранилась до сих пор. В Черноголовке работают 9 крупнейших институтов Академии наук и Экспериментальный завод РАН. Научный центр в Черноголовке создан по инициативе и под руководством Нобелевского лауреата академика Н.Н. Семёнова и академиков Г.В. Курдюмова и Д.С. Коржинского. В становлении научных направлений принимали участие выдающиеся учёные: академики Н.М. Эмануэль, В.Н. Кондратьев, Н.С. Ениколопов, В.И. Гольданский, Ю.Б. Харитон, Я.Б. Зельдович, Ю.А. Осипьян, А.Е. Шилов, В.Е. Фортов, А.Г. Мержанов, С.М. Алдошин, Нобелевский лауреат А.А. Абрикосов, И.М. Халатников, В.А. Жариков, В.Б. Тимофеев, и члены-корреспонденты РАН В.Л. Тальрозе, Г.Б. Манелис, Ч.В. Копецкий, В.Ф. Гантмахер, А.А. Сторобинский, И.В. Мартынов. Эти ученые явились также и основоположниками научных школ и учебных кафедр.

В составе института 10 научных отделов, более 80 лабораторий и самостоятельных групп, а также Отдел вычислительных и информационных ресурсов, Аналитический центр коллективного пользования, Научно-образовательный центр. ИПХФ РАН располагает уникальной экспериментальной базой, полигоном и специализированными бронированными помещениями, позволяющими проводить крупномасштабные исследования быстропротекающих процессов, комплексом химико-технологических установок, микробиологическими установками, виварием, современным вычислительным центром.

В институте работает более 100 докторов и 295 кандидатов наук, 6 действительных членов Российской академии наук: академики С.М. Алдошин, В.М. Бузник, А.Л. Бучаченко, Ю.М. Михайлов, В.Е. Фортов, А.Е. Шилов; члены-корреспонденты РАН Г.И. Канель, Г.Б. Манелис, В.Б. Минцев, В.Ф. Разумов.

Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Ордена Трудового Красного Знамени Институт нефтехимического синтеза им. А.В. Топчиева Российской академии наук (ИНХС РАН) был создан в 1934 году (первоначальное название — Институт горючих ископаемых АН СССР). В настоящее время Институт представляет собой многопрофильное научное учреждение, основными направлениями исследований которого является нефтепереработка, нефте- и газохимия; гетерогенный, гомогенный и мембранный катализ; синтез и физико-химия полимеров, в том числе полимеров биомедицинского назначения; создание перспективных полимерных и композитных материалов, в том числе нанокомпозитов; мембранная наука и технология. Структура Института включает 29 научных подразделений, в которых работают 270 научных сотрудников, всего в Институте трудятся около 400 человек.

На базе ИНХС РАН создан ряд Научно-образовательных центров (НОЦ) с ведущими вузами города Москвы, а также две международные лаборатории: Российско-Голландская международная лаборатория «Мембранные разделительные технологии для нефтяной и газовой промышленности» и Российско-Французская ассоциированная лаборатория им. Н.А. Платэ «Мембраны и молекулярные разделительные технологии». В 1994 году в Институте создан «Мембранный центр ИНХС РАН», в рамках которого осуществляется вся научно-исследовательская деятельность в области мембран и мембранных технологий.